Uscendo dalla Chiesa, sulla destra, si apre un altro portone dal quale si accede all'antico chiostro interno, unica parte non rimaneggiata del complesso che si presenta con archi a tutto sesto in pietra dell'antica Kroton.  Al centro, che in passato era il chiostro aperto sul cortine interno, si trova ancora oggi il pozzo, su cui è incisa la data 1616. 

Il pozzo, cui si accede tramite una ripida scaletta, è stato riscoperto e trasformato in cappella dai Padri Francescani nel 1972. Qualcuno pensava fosse una chiesa sotterranea o una cripta, ma più probabilmente era una semplice cisterna che raccoglieva le acque piovane di tutto il complesso. Caratteristiche sono le grondaie di tegola, che tuttora si possono vedere.